基本的に、不要になった処理をコメントアウトして残しておく必要性はありません。
一ヵ月後とか二ヵ月後とかの近い将来、確実に復活するのなら別ですが、そうでければ邪魔なだけなので潔く消してしまいましょう。
せっかく書いたのに消すのはもったいないという気持ちも分かりますが、私の経験上、いざ復活させようとしてコメントを外しても殆どの場合はそのままだと動きません。
コメントアウトされている間に実施された他の部分の変更に合わせて、多かれ少なかれ修正が必要になるはずです。
それに、バージョン管理ソフトで過去のソースが参照できるので、わざわざ動かないものを残しておくメリットはありません。
（もしバージョン管理ソフトを導入していない場合、それはリファクタリング以前の問題なのでここでは割愛します）
他にも、例えばメソッドを削除するときに、そのメソッドの使用箇所が残ってないか全部のソースに対して検索をかけて確認すると思います。
その際、コメントアウトしている部分も検索結果に含まれたりするので非常に邪魔です。
もちろん、特定の処理だけ期間限定で実行しないとか、呼び出す予定のプログラムがまだ未完成で呼べないとか、そういった一時的な理由でのコメントアウトは問題ありません。
逆にそういう理由が無い場合、コメントアウトして残しておくメリットは何も無いはずです。